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We are pleased to announce the publication of panREPET, a pipeline that identifies TE insertions shared by groups of individuals. By Saidi, Blaison, del Pilar Rodríguez-Ordóñez, @johannconfais.bsky.social, @hquesneville.bsky.social 📖 doi.org/10.1186/s130...

Background The role of transposable elements (TEs) in host adaptation has gained interest in recent years. Individuals of the same species undergo independent TE insertions, providing genetic variabil...

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🚨📢📄 Article in press in Genome Biology doi.org/10.1186/s130... We introduce panREPET, a reference-free pipeline to detect shared transposable element (TE) insertions across pangenomes and retrace their evolutionary dynamics #TEsky 🧵👇

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📣 Afin de contribuer au développement de l'entrepôt de données #Siduri du Grand Défi #Ferments_du_Futur, nous recrutons un-e ingénieur-e développement front-end de SI (contrat 6 ans). 📖 L'offre d'emploi est visible sur jobs.inrae.fr/ot-28762 📅 Date limite de candidature : 27 mars 2026

Votre mission, les objectifs qui vous serons fixés et les activités qui en découlent s’inscrivent principalement dans le cadre du Grand Défi Ferments du Futur, un programme de recherche-innovation ambitieux de la stratégie nationale d’accélération « alimentation durable et favorable à la santé » de France 2030 (https://www.fermentsdufutur.eu). Co-piloté par INRAE et doté de financements publics à hauteur de 48,3 millions d’euros, ce consortium public-privé de 41 membres réunit des établissements d’enseignement supérieur et de recherche et des partenaires industriels dans le domaine des ferments et des aliments fermentés.Sous le pilotage fonctionnel du responsable du projet Ferments du Futur, vous serez rattaché(e) administrativement à l’unité de recherche MaIAGE (https://maiage.inrae.fr/) dans laquelle vous exercerez vos missions au sein de la plateforme bioinformatique Migale (https://migale.inrae.fr/). Migale opère l’infrastructure informatique du projet Ferments du Futur et coordonne le développement informatique de Siduri, un portail web centralisant toutes les informations sur les micro-organismes et les consortia microbiens pouvant intervenir dans la fermentation des aliments. Ces données sont de nature variée --- omiques, phénotypiques, capacités métaboliques, etc. --- et alimenteront les approches prédictives développées dans le projet pour la conception de nouveaux aliments fermentés. L’interface conviviale de Siduri permettra une intégration simple des données, une exploration fine des données par les biologistes et un requêtage efficace pour les algorithmes d’apprentissage. Une première version opérationnelle de Siduri a été déployée fin 2025 (https://siduri.migale.inrae.fr).Sous la responsabilité scientifique du responsable opérationnel de la plateforme Migale, vous serez en charge du développement informatique de l’interface (front-end) du portail web Siduri. Vous travaillerez en étroite collaboration avec une ingénieure de développement actuellement en poste dans l’équipe en charge du développement back-end et avec l’équipe de développement d’OpenSILEX, la solution technique INRAE sur laquelle se base Siduri. Vous travaillerez également avec l’ingénieur-e en bioinformatique en charge de développer des pipelines pour la production de données secondaires et l’ingénieur-e en gestion de données qui assure l’alimentation et la curation des données dans Siduri.Vos principales activités seront : Participer au recueil des besoins utilisateurs et à la mise à jour du cahier des charges.Modéliser, concevoir et implémenter les nouvelles fonctionnalités de l’interface de Siduri.Rédiger et mettre à niveau les documentations techniques et fonctionnelles.Élaborer la stratégie de test, concevoir, spécifier et exécuter des tests fonctionnels et/ou techniques.Assurer la maintenance évolutive et curative des développements réalisés.Créer et tester les packages applicatifs et les scripts de déploiement en production.Réaliser le déploiement.Réceptionner, installer, documenter, mettre à disposition les développements en assurant le suivi des versions.Assurer une assistance fonctionnelle et technique aux utilisateurs.Participer à la conception et à la conduite des actions de formation.

Un nouvel outil disponible à l'URGI qui vient compléter la suite logicielle #REPET pour les analyses de la dynamique des éléments transposables dans les génomes.

⏳ Il ne reste plus que quelques jours pour s'inscrire (clôture des inscriptions le 25/02)

Le pangénome de Brachypodium distachyon met en évidence la dynamique des éléments transposables dans l'espèce en lien avec des stress environnementaux

Dans une étude publiée dans le journal Genome Biology, les scientifiques l’unité Génomique Info – URGI (INRAE/UPSaclay, Versailles) se sont intéressés au rôle des éléments transposables (ETs) dans l’adaptation des organismes à leur environnement. Les ETs, qui peuvent s’insérer indépendamment dans les génomes d’individus d’une même espèce, constituent une source importante de variabilité génétique sur laquelle la sélection naturelle peut agir. Face à la disponibilité grandissante des génomes assemblés de novo et aux limites liées à l’utilisation d’un génome de référence unique, les chercheurs ont développé un nouvel outil pangénomique nommé panREPET. Ce pipeline permet d’identifier les insertions d’ETs partagées entre différents individus sans dépendre d’un génome de référence. Il fournit en outre la séquence précise et les coordonnées génomiques de chaque copie d’ET dans chaque génome analysé. Les performances de panREPET ont été démontrées à travers l’analyse comparative de 42 génomes de Brachypodium distachyon, mettant en évidence ses avantages par rapport aux outils existants. Cette approche a permis de dater deux vagues majeures d’activité de transposition des ETs, survenues il y a environ 22 000 ans lors du Dernier Maximum Glaciaire et il y a 10 000 ans, au début de l’Holocène, période correspondant à la déglaciation de l’Europe. Par ailleurs, les chercheurs ont identifié plusieurs familles d’ETs dont l’activité récente est corrélée aux conditions climatiques. Ces résultats suggèrent un lien étroit entre stress environnemental, changements climatiques majeurs et activation des éléments transposables. Légende Figure : a) Boxplots showing the age distribution of TE insertions grouped by the number of accessions sharing them. Age is estimated from the maximum pairwise whole-genome SNP distance between accessions in a given TE clique. Red dashed lines mark the regions where the violin plots are widest, corresponding to peaks in TE insertion density. The widest sections of the violin plots are zoomed in b). b) Boxplots showing the age distribution of TE insertions according to the genetic clusters to which the accessions sharing each insertion belong. This panel corresponds to a) split into four TE insertion categories: (i) ancient but not conserved insertions; (ii) ancient and conserved insertions; (iii) recent insertions; and (iv) insertions that arose after cluster divergence. c) Clustermap showing TE family abundance according to TE insertion categories. Euclidean distance with Ward’s algorithm was used for clustering. Only families with more than 20 copies were retained for readability. -> Contact : [email protected]

Vous pratiquez R mais souhaitez faire des graphiques sophistiqués avec le package #ggplot2 ? Notre cycle de formation "Bioinformatique par la pratique" vous propose ce module d’un jour à Jouy-en-Josas (12 mars 2026). 📝 Inscriptions et programme sur documents.migale.inrae.fr/trainings.html