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Deputy director of URGI at INRAE @urgi-inrae.bsky.social Chair of the WheatIS expert working group of the Wheat Initiative @wheatinitiative.bsky.social Member of the IWGSC coordinating committee @wheatgenome.bsky.social
Michael Alaux









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Trends in Plant Science’s 30th anniversary special issue highlights the article "Reassessing data management in increasingly complex phenotypic datasets" (Pommier et al. 2025) doi.org/10.1016/j.tp... @urgi-inrae.bsky.social @inrae-france.bsky.social @spsplantsciences.bsky.social
🌿 A milestone for PRO-WILD! We’re proud to share our first practice abstract, which lays out the project’s overall goals and the inner workings of how we’ll achieve them. Take a look at what PRO-WILD has planned 👉 lnkd.in/gJXA3n-M
🌱 What drives a scientist to work on crop wild relatives? In this video, PRO-WILD coordinator Jacques Le Gouis from @inrae-france.bsky.social shares his motivation and the story behind the project. 🎥 www.youtube.com/watch?v=t_Qq... #CWR #PlantBreeding #PROWILD
We have made public the data from WP2 of the BreedWheat project. You can find this resources here wheat-urgi.versailles.inrae.fr/Projects/Bre... with the label WP2. You can find phenotyping data, genotyping data and association data.
Deux présentations de notre IR BioinfOmics aujourd'hui à l'AG IFB : 🔸 Panorama, un outils de visualisation et manipulation de graphes de pangénomes, par Matthias Zytnicki 🔹 Les services de FAIRification de données de @urgi-inrae.bsky.social par @michaelalaux.bsky.social
🚨📢📄 Article in press in Genome Biology doi.org/10.1186/s130... We introduce panREPET, a reference-free pipeline to detect shared transposable element (TE) insertions across pangenomes and retrace their evolutionary dynamics #TEsky 🧵👇
Our Expert Working Group on Wheat Information Systems is sharing insights into Large Language Models (LLMs). Discover how LLMs can enhance data management! Find videos here: www.wheatinitiative.org/ewg-wheatis #WheatConnect @michaelalaux.bsky.social
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🌾 Exciting insights from our WheatIS Expert Working Group! They are sharing experiences on Large Language Models and their impact on global wheat data. www.wheatinitiative.org/ewg-wheatis
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My presentation “Use of AI in wheat databases: overview and prospects” at the International Wheat Congress is available in open access: hal.inrae.fr/hal-05644777v1 @wheatis.bsky.social @wheatinitiative.bsky.social @urgi-inrae.bsky.social @inrae-france.bsky.social @spsplantsciences.bsky.social
Ingénieur de recherche Intelligence artificielle et sémantique jobs.inrae.fr/ot-27353 #job #openscience #emploi
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Background The role of transposable elements (TEs) in host adaptation has gained interest in recent years. Individuals of the same species undergo independent TE insertions, providing genetic variabil...
A reference-free pipeline for detecting shared transposable elements from pan-genomes to retrace their dynamics in a species - Genome Biology
doi.org
Michael Alaux
2d
9mo
Project PRO-WILD
Project PRO-WILD
BioinfOmics INRAE
Wheat Initiative
Content Management System
BreedWheat - WHEAT URGI
wheat-urgi.versailles.inrae.fr
Wheat Initiative
URGI
Johann Confais
Michael Alaux
doi.org
Redirecting
Odile H
YouTube video by PRO-WILD
www.youtube.com
Spotlight Series: Jacques Le Gouis, PRO-WILD project coordinator
The May Special Issue celebrates 30 years of Trends in Plant Science with “Big concepts – shaping the future of plant science”.Also introducing a new series on “Women in plant science around the world” featuring 30 women scientists from 30 countries www.cell.com/trends/plant... #plantscience
An expert committee, led by Hadi Quesneville (INRA, France) and Mario Caccamo (TGAC, UK), initially produced a survey analysis of wheat research community needs. They submitted a proposal to set up a…
www.wheatinitiative.org
1mo
EWG WHEATIS — Wheat initiative
An expert committee, led by Hadi Quesneville (INRA, France) and Mario Caccamo (TGAC, UK), initially produced a survey analysis of wheat research community needs. They submitted a proposal to set up a…
www.wheatinitiative.org
EWG WHEATIS — Wheat initiative
Trends in Plant Science
📣🚀✨Toutes nos équipes et plateformes sont réunies depuis hier pour cette nouvelle édition du All-Hands IFB/ELIXIR-FR 2025 ! #ElixirFR25
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Le poste est rattaché à Direction pour la Science Ouverte (DipSO), une direction placée sous la responsabilité du Directeur général délégué Science et Innovation. La DipSO développe une offre de services, produit des études et des prototypes, conseille/forme les acteurs de la science et de la stratégie en matière de science ouverte et de numérique pour la science. Elle rassemble, pour ce faire, des compétences diverses, complémentaires (documentation, informatique, scientifique, data science) pour assurer ses services et gérer des projets sur l’ensemble de son périmètre. Elle est organisée en quatre pôles.Son pôle Numérique pour la Science (Num4Sci) contribue à consolider la politique de l’établissement en matière de numérique scientifique, en assurant la mise à disposition d’outils et de services pour la science ouverte. Ces outils et services communs visent notamment à favoriser une pratique plus ouverte et collaborative de la science, et à permettre aux communautés scientifiques de profiter davantage des opportunités du numérique.Vous serez accueilli(e) au sein de l’équipe Données et Sémantique (D&S) du pôle Num4Sci de la DipSO. Vous contribuez à l’évolution des services en matière de gestion et d’analyse des données textuelles, qu'elles soient structurées ou non. Vous contribuerez à des projets dans ce domaine en étant force de proposition sur les technologies, outils et méthodes à utiliser. Vous assurerez une veille technologique, et contribuerez à la montée en compétences de vos collègues. Vous évoluerez dans un environnement stimulant, à l’interface entre la recherche académique et les applications concrètes en sciences des données.Votre mission consistera à conduire et mettre en œuvre des projets de développement de solutions applicatives (Python) basées sur des algorithmes de machine learning ou de deep learning visant à extraire des informations sur des productions scientifiques (publications, jeux de données) à partir de différents supports (fichiers PDF, jeux de métadonnées), et à les aligner avec des référentiels (structures, individus, thématiques, mots clés...) afin, par exemple,  Vous serez plus particulièrement en charge de :Mettre en œuvre des modèles d’extraction d’informations à partir de documents (NLP, LLM, etc.).Intégrer et consommer des API pour l’échange de données.Concevoir et déployer des pipelines ETL pour automatiser les flux de données.Conteneuriser les modèles/algorithmes dans des environnements Docker/Kubernetes.Mettre en place des mécanismes de suivi de performance et de détection de dérive des modèles.
jobs.inrae.fr
Ingénieur de recherche Intelligence artificielle et sémantique
IFB/ELIXIR-Fr
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